重複感染SRAS-CoV-2デルタオミクロンを検出するためのPCRによるジェノタイピングの利用

ジャーナルに掲載された編集者への手紙の中で 微生物学スペクトル、des Scientificifiquesontdécritlaproceduredegénotypagebaséesurlaréactionenchainparポリメラーゼ(PCR)pour識別子lacoinfectiondelta-omicrondansdeséchantillonscliniques。

Étude:同時感染の同定Omicron-DeltapargénotypagebasésurlaPCR。 クレジット画像:NIAID

コンテキスト

Levariant omicronleplusrécemmentapparuducoronavirus2 du Syndromerespiratoireaigusévère(SARS-CoV-2)provoquéuneforte augmentation des cas de coronavirus 2019(COVID-19)danslemonde。 プロテインスパイクフォーテメントミューテスは、責任あるデューン伝達性を考慮し、デューンキャパシティデバシオン免疫を獲得します。 検出された変種オミクロン・ア・エテは、2021年11月24日、南アフリカのプレミア・フォアに注がれました。 Cependant、malgréunetransmissibilitéetuneinfectivitéélevées、levariant provoqueprincipalementdesinfectionslégèresàmodérées。

オミクロンバリアントの出現に先立って、SRAS-CoV-2サーキュライトプリンシパルのデルタバリアントは、検出されたすべてのcas COVID-19に加えて99%の責任を負っています。 カウンターパートの漠然としたデルタ、lesÉtats-Unisontenregistréplusde 100,000 casparjour。 対照的なaux感染症のオミクロン、les感染症のデルタは、罹患率と死亡率のエレベーに関連しています。

Dans de nombreux pays du monde、y compris aux Etats-Unis、des cas de COVID-19 avecdescoinfectionsdelta-omicronontétéが検出されました。 ゲノム配列の分析には、感染デルタとオミクロンの存在の確認が含まれます。 Cependant、lesdonnéesは、二重感染を示唆しています。

現在の研究では、PCRに基づくジェノタイピングのパネルを使用した臨床評価でデルタオミクロンの菓子を検出するための手順に関する科学的研究。

Ils ontは、4つのéchantillonで重複感染を検出しました。 Dansdeuxéchantillons、ilsontappliquélaPCRnumériqueàtranscriptioninverseetàgouttelettesetdeux methodsは、deséquençageàbased’ampliconspour識別子lescoinfectionsdelta-omicronを区別します。 Ilsonteffectuédeuxシリーズは、de sequenceparcaptureハイブリッドdanslesdeux他のéchantillonspouridentifierlescoinfectionsを区別します。

重複感染デルタオミクロンを特定するための手順

RT-PCRによって確認されたSRAS-CoV-2の感染症を示す10000échantillonscliniquesauhasardetの特別なARNd’unに関する科学的データ。 ディファレンシエ・レ・バリアントデルタ・エ・オミクロン、イル・オント・セレクションネ・クアトレ・シブルズ・ゲノミクス・スペシフィック(G8393A、T13195C、C21618G、C23202A)などを注ぎ、PCRスペシフィック・ア・ラレル・プール・デテクター・レ・シブルズを効果的にします。 Dans quatre des 10000échantillonstestés、ilsontobservédesniveauxintermédiairesd’amplificationpourlesdeuxallèlessurlesquatrecibles。 セラは、重複感染のデルタオミクロンの可能性を示しています。

Dans deux desquatreéchantillonspresentantdescoinfectionspossibles、ilsonteffectuéautretestPCRpourdétecterl’échecdelacible du gene skip、et a test RT-droplet digital PCR ciblant quatrelocidifférentsdugenespike(417K、452L、484Eおよび501N)。 さらに、Swift Normalase Amplicon Panel(SNAP)で、これら2つのエシャンチロンのゲノム配列を分析するために使用されます。 SNAPは、クーベルチュール・コンプリート・デュ・ゲノム・ウイルスおよび検出・デ・ラーン・サブジェノミックに対して堅牢なプレートフォーム・デ・シークエンシングを提供します。

Le sequence du Genome entieraidentifiédesgenomesvirauxspecificdeslignéesdelta。 全体として、aucune failure de la cible dugenespiken’aétédetecteddansleséchantillons。 Cependant、lesallèlesmineurs(ledeuxièmeallèlelepluscommunàunlocusgénétique)は、l’omicronontétéに固有の変異に対応し、5à40%で検出されました。 最後に、RT-dropletデジタルPCRによって得られた結果は、18%〜34%の頻度で対立遺伝子の対立遺伝子を特定します。 Cesの結果は、すぐに重複感染を引き起こします。

Leprincipal avantage delaPCRnumériqueàgouttelettesestlepartitionnementétendudel’échantillon。 この方法は、gouttelettesd’emulsioneau-huileの技術に基づいています。 L’échantillond’intérêtestはplusieursgouttelettesに分割され、PCRdesシーケンスによる増幅はlieudanschaquegoutteletteになります。

Dans les deuxautreséchantillons、lacoinfectiondelta-omicronaétéidentifiéeenutilisantlamêmePCRspecifiquedel’allèle。 Ceséchantillonsontétésoumisàdeuxseriesdeséquençagehybride-capturepourconfirmerlesfréquencesalléliques。 集合体、lesrésultatsは、重複感染の存在を示すことはありません。

意味del’étude

L’étudesoulignel’importancedugénotypagebasésurlaPCRpouridentifier Rapidement les co-infectionsdelta-omicrondansleséchantillonscliniques。 Partir dessequencesgénomiquescanoniques、最も困難な識別子の重複感染。

En raisondesniveauxélevésdetransmissioncommunautaire de differentvariants viraux、流行の重複感染は最も影響を受けやすいd’augmenter avecletempsです。 重複感染の識別は、特定のバイタルカーと二重感染の持続性であり、変異体は、変異体の組換え体である遺伝学と変異体の組み合わせを区別します。

ジャーナルの参照:

  • 重複感染の特定Omicron-DeltapargénotypagebasésurlaPCRPavitra Roychoudhury ,、 Shishi Luo、Kathleen Hayashibara、Pooneh Hajian、Margaret G. Mills、Jean Lozach、Tyler Cassens、Seffir T. Wendm、Isabel Arnould、David Becker、 Tim Wesselman、Jeremy Davis-Turak、Richard Creager、Eric Lai、Keith R Jerome、Tracy Basler、Andrew Dei Rossi、William Lee、Alexander L Greninger、https://journals.asm.org/doi/epub/10.1128/spectrum。 00605-22

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